通过 Web 界面和通过 Web 服务进行 EMBL-EBI 服务的使用。

Using EMBL-EBI Services via Web Interface and Programmatically via Web Services.

机构信息

European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, United Kingdom.

出版信息

Curr Protoc. 2024 Jun;4(6):e1065. doi: 10.1002/cpz1.1065.

DOI:10.1002/cpz1.1065

PMID:38857087

Abstract

The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)'s Job Dispatcher framework provides access to a wide range of core databases and analysis tools that are of key importance in bioinformatics. As well as providing web interfaces to these resources, web services are available using REST and SOAP protocols that enable programmatic access and allow their integration into other applications and analytical workflows and pipelines. This article describes the various options available to researchers and bioinformaticians who would like to use our resources via the web interface employing RESTful web services clients provided in Perl, Python, and Java or who would like to use Docker containers to integrate the resources into analysis pipelines and workflows. © 2024 The Authors. Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Retrieving data from EMBL-EBI using Dbfetch via the web interface Alternate Protocol 1: Retrieving data from EMBL-EBI using WSDbfetch via the REST interface Alternate Protocol 2: Retrieving data from EMBL-EBI using Dbfetch via RESTful web services with Python client Support Protocol 1: Installing Python REST web services clients Basic Protocol 2: Sequence similarity search using FASTA search via the web interface Alternate Protocol 3: Sequence similarity search using FASTA via RESTful web services with Perl client Support Protocol 2: Installing Perl REST web services clients Basic Protocol 3: Sequence similarity search using NCBI BLAST+ RESTful web services with Python client Basic Protocol 4: Sequence similarity search using HMMER3 phmmer REST web services with Perl client and Docker Support Protocol 3: Installing Docker and running the EMBL-EBI client container Basic Protocol 5: Protein functional analysis using InterProScan 5 RESTful web services with the Python client and Docker Alternate Protocol 4: Protein functional analysis using InterProScan 5 RESTful web services with the Java client Support Protocol 4: Installing Java web services clients Basic Protocol 6: Multiple sequence alignment using Clustal Omega via web interface Alternate Protocol 5: Multiple sequence alignment using Clustal Omega with Perl client and Docker Support Protocol 5: Exploring the RESTful API with OpenAPI User Inferface.

摘要

欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的作业调度程序框架提供了对广泛的核心数据库和分析工具的访问，这些数据库和分析工具在生物信息学中至关重要。除了为这些资源提供 Web 接口外，还可以使用 REST 和 SOAP 协议提供 Web 服务，这些协议允许进行编程访问，并允许将其集成到其他应用程序和分析工作流和管道中。本文描述了希望通过使用 Perl、Python 和 Java 中的 RESTful Web 服务客户端或希望使用 Docker 容器将资源集成到分析管道和工作流中的 Web 界面使用我们的资源的研究人员和生物信息学家可用的各种选项。© 2024 作者。Wiley Periodicals LLC 出版的《当代协议》。基本方案 1：通过 Web 界面使用 Dbfetch 从 EMBL-EBI 检索数据替代方案 1：通过 REST 接口使用 WSDbfetch 从 EMBL-EBI 检索数据替代方案 2：使用 Python 客户端通过 RESTful Web 服务从 EMBL-EBI 检索数据支持方案 1：安装 Python REST Web 服务客户端基本方案 2：通过 Web 界面使用 FASTA 搜索进行序列相似性搜索替代方案 3：使用 Perl 客户端通过 RESTful Web 服务使用 FASTA 进行序列相似性搜索支持方案 2：安装 Perl REST Web 服务客户端基本方案 3：使用 NCBI BLAST+ RESTful Web 服务与 Python 客户端进行序列相似性搜索基本方案 4：使用 HMMER3 phmmer REST Web 服务与 Perl 客户端和 Docker 一起进行序列相似性搜索支持方案 3：安装 Docker 并运行 EMBL-EBI 客户端容器基本方案 5：使用 InterProScan 5 RESTful Web 服务与 Python 客户端和 Docker 进行蛋白质功能分析替代方案 4：使用 InterProScan 5 RESTful Web 服务与 Java 客户端进行蛋白质功能分析支持方案 4：安装 Java Web 服务客户端基本方案 6：通过 Web 界面使用 Clustal Omega 进行多序列比对替代方案 5：使用带有 Perl 客户端和 Docker 的 Clustal Omega 进行多序列比对支持方案 5：使用 OpenAPI 用户界面探索 RESTful API。